Une autre explication fait état de la situation particulière du Comté de Bourgogne vis-à-vis de l'Empire Germanique après son rattachement à ce dernier en 1026, mais sans y être véritablement incorporé. Bien que devant le service militaire à l'Empereur, le Comté restait libre de toutes tailles et impositions et gardait sa langue et ses traditions. C'était donc un comté franc et libre ce qui lui aurait valu le nom de Franche-Comté.
Enfin une communication à la Société d'Emulation du Doubs en 1861 signée de plusieurs historiens dont Auguste Castan, précise que c'est dans une chartre de 1366 qu'apparaît pour la première fois dans un écrit le terme "Franche-Comté", mais en réalité sous la forme "France-Comté".