Le grand emprunt a fait des PRES les bénéficiaires privilégiés de l'Initiative d'Excellence (IdEx). Sorbonne Universités a présenté une vingtaine de laboratoires d'excellence (LabEx) interdisciplinaires afin de bénéficier des fonds du grand emprunt. Trois projets d'institut hospitalo-universitaire, une société d’accélération de transfert de technologie et un institut de recherche technologique doivent compléter cette participation à l'IdEx[14]. Ce projet, baptisé SUPER (Sorbonne Universités à Paris pour l'Enseignement et la Recherche) a fait partie des sept propositions pré-sélectionnées dès la première vague de l'appel d'offres[22]. L'échec du PRES lors de l'annonce définitive des résultats de cette première vague a cependant forcé le PRES à se repenser. Le jury a en effet émis des réserves sur la gouvernance de l'initiative, n'ayant jamais fait un secret de la désapprobation de son directeur pour la constitution de PRES sous forme de fondations. Le dossier devrait donc être proposé au deuxième tour de l'IDEX, en même temps que la transformation du modèle confédéral jusqu'alors prôné en un modèle fusionnel[23].